Я чутка припозднился, не заметил тему. Защита на options и прочих файлах конфигурации у нас работает по принципу "один раз скачались, и все". Изначально, конечно, загружаются наши настройки, но потом их можно менять. Настройки снова могут откатиться к нашим только в случае, если я меняю конфиг на сервере, в таком случае файлы скачиваются заново, как в первый раз. Но обновления конфигов у нас случаются не часто, так же как и обновления клиента, так что не думаю что это такая большая проблема.
С ресурспаками у нас политика такая, мы добавляем в клиенты хорошие ресурспаки с уже встроенными текстурами для используемых модов, но запрещаем добавление туда сторонних. Это и чтоб прозрачные текстуры не заливали, и чтоб не было такого что "половина блоков на сервере в разрешении 128х128, а половина 16х16". Если нужен какой-то свой ресурспак - лучше всего будет создать тему в разделе "ресурспаки", и тогда возможно он появится в клиенте у всех игроков.